지구의 조상을 만나러 탐사하다
인간의 형태를 하고 있는 한 외계인이 검은 액체를 마시게 되고 그로 인해 외계인의 몸이 부서지고 분해되면서 물로 떨어지게 되고 그의 DNA로 인간이 탄생하게 됩니다. 2089년 엘리자베스와 찰리는 스코틀랜드에 있는 외딴섬에 도착하게 되고 유적들을 발굴하기 시작합니다. 그들은 동굴에서 벽화를 찾아내고 4년 후 벽화를 토대로 그들은 지구와 비슷한 환경인 LV223 행성에 탐사를 갑니다. 로봇 데이비드는 냉동된 상태의 대원들의 상태를 돌보고 2년 후 목적지에 근접하게 됩니다. 책임자 비커스가 먼저 일어나고 다른 대원들도 일어나게 됩니다. 비커스는 탐사를 후원하고 있는 피터 회장의 영상을 보여주고 인류기원에 대해서 알고 싶다고 말합니다. 피터 회장은 엘리자베스와 찰리를 불러 그동안 그들이 수집한 고대 유적 사진을 보여주며 지구의 비슷한 행성에 가서 인류의 조상 엔지니어와 만나는 게 이번 탐사의 목적이라고 말합니다. 팀원들은 그의 말에 비웃음을 흐리고 비커스는 엔지니어와 접촉하지 말라고 경고합니다. 행성에 도착한 팀원들은 인공구조물을 발견하게 되고 탐사하기 시작합니다. 팀원 파이필드는 인공구조물을 스캔하고 다른 팀원들은 환경을 조사합니다. 지구와 같은 환경인 것을 알게 되고 죽은 엔지니어들의 홀로그램을 보게 됩니다. 잠시 후 팀원들을 조사 중 죽은 엔지니어들을 보게 되고 팀원 파이필드는 공포심에 돌아가겠다고 말합니다. 결국 파이필드와 팀원 밀번은 그들과 떨어지게 되고 로봇 데이비드는 고대 언어를 해석해 문을 열게 됩니다.
검은 액체에 노출되다
안으로 들어간 팀원들은 검은색으로 움직이는 생명체와 벽화를 보게 되고 엘리자베스는 엔지니어의 머리만 챙겨서 나오자고 말합니다. 그 순간 우주선에서는 폭풍이 몰려오는 걸 보게 되고 로봇 데이비드는 항아리 하나를 챙깁니다. 팀원들은 우주선으로 복귀하고 캡틴은 파이필드와 밀번이 돌아오지 않았다고 말합니다. 길을 잃은 두 사람에게 캡틴은 폭풍이 끝나면 데리러 가겠다고 말하고 엘리지 바스는 엔지니어의 머리를 분석하기 시작합니다. 충격에 반응하는 엔지니어의 머리에 신기함을 보이고 잠시 후 엔지니어의 머리는 터져버립니다. 엔지니어와 인간의 DNA를 분석한 결과 인간의 조상이라는 것을 알게 됩니다. 한편 데이비드는 다른 누군가와 연락을 취하고 항아리를 열어보고 검은 액체를 채취해서 찰리가 복용하도록 유도합니다. 찰리는 마시게 되고 저녁에 엘리자베스와 사랑을 나눕니다. 파이필드와 밀번은 엔지니어의 무덤을 발견하게 되고 두려움에 도망칩니다. 하필 항아리가 있는 방에 도착하고 이상한 생명체가 나옵니다. 두 사람은 생명체를 바라보게 되고 갑자기 공격하기 시작합니다. 파이필드는 생명체를 잘라버리고 염산으로 되어있는 액체에 파이필드의 헬멧이 녹게 되고 밀번은 생명체의 공격에 죽음을 맞이합니다. 다음날 일어난 찰리는 눈에서 이상함을 느끼고 캡틴은 신호가 끊긴 파이필드와 밀번을 찾아 나섭니다. 팀원들은 죽은 밀번을 발견하게 되고 로봇 데이비드는 엔지니어의 조종실을 찾게 됩니다. 조종실에서 냉동상태로 살아있는 엔지니어를 발견하게 됩니다. 찰리는 상태가 나빠지고 우주선에 돌아오는 찰리에게 비커스는 탑승을 거부하고 감염된 그에게 화염방사기를 발사합니다. 그로 인해 찰리는 죽게 되고 엘리자베스는 기절합니다. 얼마 후 그녀는 바이러스 검사를 받게 되고 임신 사실을 알게 됩니다. 로봇 데이비드는 이상한 생명체가 들어있다고 말하고 그녀는 제거해 달라고 말합니다. 데이비드는 할 수 없다고 말하고 팀원들은 그녀를 다시 냉동시키자고 합니다. 그 순간 그녀는 기지를 발휘해 수술장비실로 가게 되고 다행히 괴생명체를 배속에서 빼냅니다. 괴생명체의 공격에 그녀는 수술실에서 도망칩니다. 검은 액체에 감연 된 파이필드는 팀원들을 죽이기 시작하고 다행히 화염방사기로 그를 불태웁니다. 수술실에서 나온 그녀는 피터 회장을 만나고 속인걸을 알게 됩니다.
엔지니어의 죽음과 외계인의 탄생
피터 회장은 엔지니어를 만나서 자신을 생명을 느릴 수 있는 방법을 알고 싶었다고 말하고. 그녀는 피터 회장에게 행성이 위험성을 알립니다. 피터 회장은 인류의 조상을 만나기 전에는 떠날 수 없다고 그녀에게 전합니다. 그녀는 회장과 팀원과 함께 다시 인공구조물 안에 들어가고 인류의 조상 엔지니어를 만납니다. 깨어난 엔지니어는 데이비드의 머리를 날려버리고 팀원들을 죽이기 시작합니다. 엘리자베스는 도망가고 데이비드는 엔지니어가 검은 액체를 가지고 모든 인간을 죽 일계획에 대해서 말합니다. 엘리자베스는 캡틴에게 연락하게 되고 캡틴은 지구로 가는 엔지니어의 우주선을 타고 있는 우주선으로 충돌합니다. 엘리자베스는 기지로 돌아오지만 자신 배속에 있었던 생명체가 엄청 커져있었고 데이비드는 엘리자베스에게 연락해서 도망가라고 말합니다. 엔지니어는 그녀를 공격하고 엘리자베스는 생명체를 붙잡고 있던 버튼을 눌러버립니다. 그렇게 엔지니어는 죽게 되고 데이비드는 자신이 우주선을 고칠 수 있으니 구하러 와달라고 말합니다. 그녀는 데이비드를 구하러 가고 엔지니어의 몸에서 나온 외계인이 나오게 되면서 영화는 끝납니다.
총평
지구의 조상 엔지니어를 만나기 위해서 행성에 도착하지만 엔지니어가 자신들을 공격하게 되고 결국 또 다른 외계 생명체로부터 죽게 되어 에어리언이 탄생한다는 영화입니다.